外国投资者并购境内企业安全审查的程序可大致分为审查启动、联席会议审查和商务部通知审查意见三个阶段：

(一)    审查启动

审查启动分为外国投资者自行申请审查和商务部等相关机构主动进行的审查两种。

1.   外国投资者自行申请审查

外国投资者并购境内企业，由投资者向商务部提出申请。申请人所提交的并购安全审查申请文件完备且符合法定要求的，商务部应书面通知申请人受理申请。

属于并购安全审查范围的，商务部在15个工作日内书面告知申请人，并在其后5个工作日内提请外国投资者并购境内企业安全审查部际联席会议（“联席会议”）（联席会议由发展改革委、商务部、并购涉及行业和领域相关部门等组成）进行审查。

如果申请人在15个工作日后仍未收到商务部书面告知的，视为审查通过。

两个或者两个以上外国投资者共同并购的，可以共同或确定一个外国投资者向商务部提出并购安全审查申请。

2.  商务部等相关机构主动进行的审查

外国投资者并购境内企业，国务院有关部门、全国性行业协会、同业企业及上下游企业认为需要进行并购安全审查的，可以通过商务部提出进行并购安全审查的建议。联席会议认为确有必要进行并购安全审查的，可以决定进行审查。

(二)    联席会议审查

联席会议对商务部提请安全审查的并购交易，首先进行一般性审查，对未能通过一般性审查的，进行特别审查。

1.   一般性审查

一般性审查采取书面征求意见的方式进行。联席会议收到商务部提请安全审查的并购交易申请后，在5个工作日内，书面征求有关部门的意见。有关部门在收到书面征求意见函后，应在20个工作日内提出书面意见。如有关部门均认为并购交易不影响国家安全，则不再进行特别审查，由联席会议在收到全部书面意见后5个工作日内提出审查意见，并书面通知商务部。

2.   特别审查程序

如有部门认为并购交易可能对国家安全造成影响，联席会议应在收到书面意见后5个工作日内启动特别审查程序。启动特别审查程序后，联席会议组织对并购交易的安全评估，并结合评估意见对并购交易进行审查，意见基本一致的，由联席会议提出审查意见；存在重大分歧的，由联席会议报请国务院决定。联席会议自启动特别审查程序之日起60个工作日内完成特别审查，或报请国务院决定。审查意见由联席会议书面通知商务部。

(三)    并购安全审查意见由商务部书面通知申请人。

商务部收到联席会议书面审查意见后，在5个工作日内将审查意见书面通知申请人（或当事人），以及负责并购交易管理的地方商务主管部门。

1.  对不影响国家安全的，申请人可按照《关于外国投资者并购境内企业的规定》、《外商投资企业投资者股权变更的若干规定》、《关于外商投资企业境内投资的暂行规定》等有关规定，到具有相应管理权限的相关主管部门办理并购交易手续。

2.  对可能影响国家安全且并购交易尚未实施的，当事人应当终止交易。申请人未经调整并购交易、修改申报文件并经重新审查，不得申请并实施并购交易。

3.  外国投资者并购境内企业行为对国家安全已经造成或可能造成重大影响的，根据联席会议审查意见，商务部会同有关部门终止当事人的交易，或采取转让相关股权、资产或其他有效措施，以消除该并购行为对国家安全的影响。

(四)    并购交易调整变更

1.   安全审查过程中的变更

在并购安全审查过程中，申请人可向商务部申请修改交易方案或撤销并购交易。 商务部在收到申请报告及有关文件后，于5个工作日内提交联席会议。

2.   未提交安全审查及安全审查通过后的变更

外国投资者并购境内企业未被提交联席会议审查，或联席会议经审查认为不影响国家安全的，若此后发生调整并购交易、修改有关协议文件、改变经营活动以及其他变化（包括境外实际控制人的变化等），导致该并购交易属于并购安全审查范围的，当事人应当停止有关交易和活动，由外国投资者向商务部提交并购安全审查申请。

另外，外国投资者并购境内企业涉及新增固定资产投资的，按国家固定资产投资管理规定办理项目核准；外国投资者并购境内企业涉及国有产权变更的，按国家国有资产管理的有关规定办理；外国投资者并购境内金融机构的安全审查另行规定；香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区的投资者进行并购，参照外国投资者并购境内企业的规定。